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論文

• 山下慎吾・根岸淳二郎・河口洋一・赤坂卓美・中村知美・島谷幸宏・中村太士. 2012. フロリダ州エバーグレイズ流域における流域再生プロジェクトと研究学習拠点. 流域圏学会誌 1: 19-24.
• 村岡敬子・山下慎吾・篠塚由美・三輪準二・中山雅文・宮島泰志. 2011. カジカ集団の遺伝情報にみられた特異な繁殖履歴. DNA多型 19: 105-109.
• 村岡敬子・山下慎吾・三輪準二. 2009. 遺伝情報を用いた在来魚種の生息環境の保全. 土木技術資料 51: 18-21.
• 山下慎吾. 2008. 氾濫原と魚の話. 四万十流域圏学会誌 8: 15-22.
• YAMASHITA, S., MURAOKA, K., and AMANO, K. 2007. Estimation of the effect of mitigation plans for rare fish species in a dam project by population viability analysis (PVA). Proceedings of The 6th International Symposium on Ecohydraulics.
• 山下慎吾・村岡敬子・天野邦彦. 2006. 水域エコロジカルネットワーク計画における遺伝情報とコスト距離を活用した比較検討. 河川技術論文集 12: 449-454.
• 山下慎吾. 2005. 水域の生態的ネットワークとメダカ遺伝的多型情報. 土木研究所資料 3973: 89-92.
• YAMASHITA, S. 2005. Spatial index for juvenile fish diversity in floodplain pools. Proceedings of 90th Annual Meeting of The Ecological Society of America and The IX International Congress of Ecology.
• YAMASHITA, S., DENDA, M., and NAKAGOSHI, N. 2004. Geomorphological predictors for diversity of juvenile fish in floodplain pools during a low-water period. Ecology and Civil Engineering 7: 93-102.
• YAMASHITA, S., DENDA, M., and NAKAGOSHI, N. 2004. A microhabitat analysis of juvenile fish in a floodplain pool using a regression tree technique. Journal of Environmental information Science 32: 55-62.
• YAMASHITA, S., DENDA, M., and NAKAGOSHI, N. 2002. A comparison of calculation models for habitat suitability index. Proceedings of The VIII International Congress of Ecology.
• 山下慎吾・傳田正利・酒井賢一・山口功・中越信和. 2002. 回帰木モデルを用いた生息適地指標の算出. 環境システム研究論文集 30: 71-76.
• 傳田正利・山下慎吾・尾澤卓思・島谷幸宏. 2002. ワンドと魚類群集-ワンドの魚類群集を特徴づける現象の考察-. 日本生態学会誌 52: 287-294.

報告書や書籍

• 山下慎吾．2018．ヒラテテナガエビ，ミナミテナガエビ，オオウナギ．p.100, 130．高知県レッドデータブック（動物編）改定委員会編．高知県レッドデータブック2018動物編．高知県林業振興環境部 環境共生課．
• 山下慎吾・川村慎也・上村真良那．2018．四万十川流域の文化的景観 黒尊川生態調査報告書．四万十市教育委員会．
• 山下慎吾．2016．四万十川流域におけるテナガエビ類の意味．営みの基盤-生態学からの文化的景観再考．
• 山下慎吾．2015．川のある暮らし – 日常の中にある四万十川の風景．グリーンレター 37：18-21．
• 山下慎吾・東直子. 2001. シャムタ村の水産業. 谷正和（編）バングラデシュ・ベンガル地方の地下水ヒ素汚染問題に関する応用人類学的研究. 文部省科学研究費補助金成果報告書.
• 山下慎吾. 1997. アイゴ科, ツノダシ科, ニザダイ科. 岡村収・尼岡邦夫（編）日本の海水魚, pp.632-651. 山と渓谷社, 東京.
• OHTA, S., TSUCHIDA, E., KIM, D.S., WOO, K.S., OKAMURA, O., MACHIDA, Y., YAMASHITA, S., GAMO, S., KIKUCHI, T., and MIURA, T. 1993. Collection of megabenthos and macrobenthos with beam trawls and tentative list of the trawl catch, Preliminary Report of the Hakuho Maru Cruise KH-91-6. Japan Trench, Northwestern Pacific, 25-35, Ocean Research Institute, University of Tokyo.
• OKAMURA, O., MACHIDA, Y., and YAMASHITA, S. 1993. Studies on the ichthyofauna of the Japan Trench, Preliminary Report of the Hakuho Maru Cruise KH-91-6, Japan Trench, Northwestern Pacific, 38-38, Ocean Research Institute, University of Tokyo.
• 岡村収・和田浩史郎・山下慎吾・大野正夫. 1992. 鏡川水系の河川環境と水質. 鏡川水系の生物と環境に関する総合調査II. 高知県.
• 岡村収・碓井利明・宮原一・山下慎吾・ 和田浩史郎. 1992. 鏡川水系の魚類および甲殻類. 鏡川水系の生物と環境に関する総合調査II. 高知県.